玉皇心印妙经注此玉帝传心，圣圣相承，以心印心，明悟了证，皆宗此旨。三教莫违，故云心印。
上药三品，最上妙药有三品，即三般。神与气精。非金石上术，灵芝玉屑，及外药凡药，乃元神、元气、元精。凡药可以愈疾，所及有限。此药保劫度世，化济无穷，一切莫此，故云上药。
恍恍似有非有。惚惚，似无非无。杳杳似远非远冥冥。似近非近，若不见闻，似有见闻。
存无守有，秘存虚无，默守妙有。顷刻而成。上药一得，立跻圣域。
回风混合，回旋巽风，混合百神。百日功灵。三月基就，功渐玄灵。
默朝上帝，宇泰贞定，秘礼元皇。一纪飞升。十二年丹神飞升。一云历脱十二相属乃升。
知者易悟，真知者易悟上药之基。昧者难行。愚昧者难行存守之义。
履践天光，宇泰定，天光发，而足蹑天根。呼吸育清。真炁往来，滋育玄清。
出玄入牝，知天谷元神，而出玄入牝。若亡若存。不散亡，不强存，若亡若存。
绵绵不绝，默默绵绵，终始不绝。固蒂深根。性根命蒂，妙培深固。
人各有精，各人皆有至真真精。精合其神。真精妙合元神。神合其气，元神妙合真气。
气合体真。元气妙合吾体至真。不得其真，不得身之至真。皆是强名。
自云得药，便是强名。神能入石，神入金石无碍。一云穿山透石无不到之谓也。
神能飞形。炼神还虚，身自飞升。入水不溺，有道者水不漂溺。一云诸欲不染为不溺。
入火不焚。有道者火不能焚。一云怒妄不生为不焚。神依形生，形成而神至，故云神依形生。
精依气盈。气满则精全，故云精依气盈。不凋不残，神气精全，系无耗散，而不凋不残。
松栢青青。永无衰变，如松栢青青。三品一理，三品上药，共根一理。
妙不可听。重玄至妙，非可闻听。其聚则有，善存默守，妙聚则有。
其散则零。妙意涣散，倏忽凋零。七窍相通，耳目鼻口真七窍，内为相通，一云，七窍在内。
窍窍光明。风云发泄，窍窍光明。一云，各有天光宝明。圣日圣月，身之真阴真阳，永明不毁，故云圣日圣月。
照耀金庭。光映丹台紫府，云照耀金庭。一得永得，真得实益，永不毁沦。
自然身轻。身轻回阳换骨还虚，非徒体健也。太和充溢，太和真气，充满洋溢。
骨散寒琼。黄中通理，骨竦神怡，毕落琼琳，金筋玉骨。得丹则灵，明药得丹，易凡而灵。
不得则倾。不得正丹，梁丧身倾。丹在身中，非白非青。非肺白，非肝青。
诵之万遍，默转真经万遍，非口诵也。妙理自明。此经妙理，召然明白。
无上玉皇心印妙经注竟回向忏悔文回心向道，重诚忏其前愆，悔而自新，不作后过。
龙章凤篆，已殚尽也歌咏之诚；鹤驾鸾舆，重冀望也鉴观之惠。臣谨炷真香，丹诚天香也。重诚奏启道经师宝，元始万神，玉光会中一切圣真。恭望恩光，重垂证鉴。臣向来为某人某事看诵《玉皇本行集经》几部，敬保某人某事云云万所宣经典，罔敢不虔。其柰业力障魔，神志错乱，所立根钝，自然想来，脱略混淆，颠倒重迭，临文徇意，字误句差。乖清浊之正音，泥解会之邪见。事夺其志，心不在经。问对起居，断绝隔越。久诵懈怠，因事忿嗔。严洁或涉于垢尘，肃敬或乘以渎慢。身口服用之不净，衣冠礼貌之不虔。供弗如仪，处非其地，卷舒揉乱，坠落脱伤。不专不恭，大惭大愧。伏愿慈悲怜悯，赦释罪愆，庶使诵持得臻感格。所祈所愿，如志如心。尚虑经中传授或误，刊写多讹。其师其人，悉皆忏悔。仗道威力，愿罪消除，常转法轮，普度群品。为如上众，稽首称念太上无极大道，至真三十六部尊经、真文宝符，太上三尊、十方众圣、玄中大法师。玉经中无鞅数众神仙，不可思议功德。
高上玉皇本行集经忏悔文竟